A maioria das crianças não sofre efeitos secundários. A vacina MMR pode causar pequenas erupções na pele em algumas crianças dentro de cinco a 12 dias depois da sua administração. Isto pode durar alguns dias. Ocasionalmente, uma febre alta pode causar uma convulsão. Esta convulsão é produto da febre causada pela vacina, e não produto da vacina propriamente dita. Isto não torna a criança mais suscetível a apanhar epilepsia, danos ao cérebro ou quaisquer outros problemas de nervos. As convulsões causadas por febres altas acontecem mais provavelmente em crianças que já tinham tido convulsões anteriores, ou cujos pais, irmãos ou irmãs tenham tido convulsões.
O componente da vacina contra a caxumba pode causar febre e o inchaço das glândulas do pescoço. A meningite (infecção dos fluidos e cobertura da espinha ou coluna vertebral) pode ocorrer muito raramente, em um caso em cada 800.000 pessoas que recebem a vacina. Esta meningite causada pela vacina é moderada, e não causa danos permanentes.
O componente da vacina contra a rubéola pode causar febres ligeiras, erupções da pele ou o inchaço das glândulas do pescoço numa criança em cada sete. Isto acontece geralmente entre os 6 a 10 dias depois da injeção, e dura de um a dois dias. Menos de uma criança em cada 200 desenvolvem inchaços e dores em algumas juntas dentro de um período de uma a três semanas após a vacinação.
Estas dores das juntas geralmente duram poucos dias. Muito raramente, a artrite crônica poderá ocorrer.
Problemas moderados de coagulação do sangue foram relatados durante o mês que segue a imunização com a vacina MMR. Esta condição ocorre raramente e não resulta em problemas de longo-prazo.
Não há nenhum risco de mulheres grávidas ou qualquer outra pessoa de contraírem sarampo, caxumba ou rubéola de uma criança que tenha sido recentemente vacinada. É seguro administrar esta vacina em mulheres que estão amamentando. Ao todo, os benefícios da vacina são muito maiores do que os riscos. Deve sempre discutir os riscos e benefícios de qualquer vacina com o seu médico.